НКО ЗАО ПРЦ был учреждён 05 марта 1996 года. Его учредителями являлись три биржи и пять Российских банков.
Основной целью создания НКО ЗАО ПРЦ являлось построение эффективной расчётной системы, обслуживающей участников финансового рынка.
Уставную деятельность НКО ЗАО ПРЦ начал 11 апреля 1997 года после перевода расчётов с ЗАО «Санкт-Петербургская Валютная Биржа», которая до этого момента выполняла функции, как расчётной организации, так и организатора торгов.
На момент начала проведения расчётов клиентами НКО ЗАО ПРЦ были 45 юридических лиц: банков и инвестиционных компаний.
В соответствии с Договором, заключённым между Банком России и НКО ЗАО ПРЦ, «Петербургскому Расчётному Центру» был присвоен статус «расчётного центра организованного рынка ценных бумаг» (РЦ ОРЦБ). В статусе РЦ ОРЦБ НКО ЗАО ПРЦ проработал до 01 января 2013 года.
Договор на выполнение функций РЦ ОРЦБ был расторгнут по инициативе Банка России в связи с тем, что с 01-01-2013 Банк России перестал обладать законодательно закреплёнными полномочиями, позволяющими ему устанавливать правила заключения сделок на финансовых рынках и проведения участниками рынка расчётов по заключённым сделкам.
Таким образом, с 2013 года НКО ЗАО ПРЦ продолжает свою деятельность, как специализированная расчётная организация.
В рамках РЦ ОРЦБ НКО ЗАО ПРЦ проводил расчёты в пяти секторах:
- «ГКО-ОФЗ»,
- «Фондовый Сектор»,
- «Валютный рынок»
- «Сектор стандартных контрактов»
- «Межбанковский кредитный рынок».
В соответствии с заключёнными Договорами, НКО ЗАО ПРЦ выполнял функции расчётной организации для «Фондовой Биржи», «Товарно-Фондовой Биржи Санкт-Петербург», «Московской Межбанковской Валютной Биржи», «Санкт-Петербургской Валютной Биржи».
С 2013 года НКО ЗАО ПРЦ обеспечивает проведение расчётов по итогам торгов, которые проводятся только на ЗАО «Санкт-Петербургская Валютная Биржа».
Расчёты по сектору «ГКО-ОФЗ» осуществлялись с 1997 по 01-01-2013 года, организатором торгов являлась «Московская Межбанковская Валютная Биржа». С 2013 года расчёты в этом секторе не проводятся, так как Договора были расторгнуты по инициативе ОАО «ММВБ-РТС».
С июня 1999 года по 31.12.2011 года НКО ЗАО ПРЦ обеспечивал проведение расчётов по итогам валютных торгов на «Единой торговой сессии межбанковских валютных бирж» (ЕТС). Расчёты проводились в рублёвой и валютной части, по счетам, которые были открыты Участникам торгов ЕТС в АО ПРЦ. С 2012 года все региональные расчёты по итогам валютных торгов на ЕТС были принудительно завершены и проводятся только через счета открытые в «Национальном Расчётном Депозитарии».
С 2012 года, в секторе «Валютный рынок» проводятся расчёты только по итогам валютных торгов, которые проходят на ЗАО «Санкт-Петербургская Валютная Биржа».
С октября 2000 года по 1 марта 2011 года проводились торги и расчёты в «секторе стандартных контрактов». По решению Биржевого Совета ЗАО «Санкт-Петербургская Валютная Биржа» и решения ФСФР деятельность этой секции была прекращена.
С августа 2008 года по настоящее время проводится расчётное обслуживание Участников, осуществляющих операции в секции «Межбанковского кредитного рынка».
С 01 июня 2002 года НКО ЗАО ПРЦ является участником системы СВИФТ.
С 2001 года помимо услуг по проведению расчётов в рамках ОРЦБ, НКО ЗАО ПРЦ начал оказывать своим клиентам-банкам услуги по открытию и ведению корреспондентских счетов в иностранной валюте.
В соответствии с подписанным между НКО ЗАО ПРЦ и Банком России Соглашением, НКО ЗАО ПРЦ является уполномоченным расчётным центром при осуществлении расчётов по депозитным сделкам, заключённым Банком России с кредитными организациями с использованием Системы электронных торгов ММВБ.
Основная масса платежей осуществляется НКО ЗАО ПРЦ с использованием электронного документооборота, в том числе с использование системы СВИФТ.
С 23 октября 2008 года НКО ЗАО ПРЦ является прямым участником расчётов системы БЭСП.
НКО ЗАО ПРЦ создавался и функционирует как специализированная расчетная организация, обеспечивающая проведение расчетов по итогам организованных торгов. Основной задачей НКО ЗАО ПРЦ является обеспечение максимальной надежности и скорости проведения расчетов с целью поддержания высокой ликвидности рынка и эффективности сделок для его участников.
У НКО ЗАО ПРЦ накоплен большой опыт в организации и проведении расчётных процедур, практически по всем финансовым инструментам. За весь период работы у НКО ЗАО ПРЦ не было выявлено ни одного нарушения, связанного с проведением расчётных операций, не было ни одного судебного или иного разбирательства.
В разные годы НКО ЗАО ПРЦ обслуживал клиентов, которые осуществляли свою хозяйственную деятельность во многих Российских регионах. Число обслуживаемых регионов колебалось от 60 до 30.
Основным партнером и акционером НКО ЗАО ПРЦ является ЗАО 'Санкт-Петербургская Валютная Биржа', поэтому деятельность НКО ЗАО ПРЦ напрямую зависит от новых направлений в работе ЗАО СПВБ и её дочерних организаций (с 21 июля 2016 года изменено наименование на Акционерное общество 'Санкт-Петербургская Валютная Биржа' (АО СПВБ).
18 января 2016 года произошла смена организационно-правовой формы собственности ПРЦ с ЗАО на АО (НКО АО ПРЦ).